Я жуть как не люблю писать слова без буквы «ё» там где она требуется, т.к. в противном случае это дело мне жутко режет глаза (кстати, очень советую прочитать очень толковую статью из журнала «Наука и Жизнь» относительно этой буквы: http://www.nkj.ru/archive/articles/14333/). А ещё больше меня раздражает когда всякие дурацкие приложения подчёркивают эти слова как неправильно написанные (к этому же относится и название моей страны, ну да хрен с ними, разберёмся хотя бы с одним).

Так вот, за всё это дело, как правило, отвечает программа aspell. Именно с ней мы и будем иметь дело. Мне было лень читать наркоманские руководства, поставляемые вместе с этим программным продуктом, посему я решил поправить дело следующим, не менее извращённым, образом (действителен для FreeBSD):

cd /usr/ports/russian/aspell/
make extract
cp work/aspell6-ru-0.99f7-1/ru-yo.cwl work/aspell6-ru-0.99f7-1/ru-ye.cwl #меняете на свою версию, разумеется
make deinstall install

Всё, теперь слова где должна писаться буква «ё» будут отображаться как нужно, а в случае ошибки (написании слова с буквы «е») — подчёркиваться.

Не знаю насколько сей способ актуален для Linux. Думаю что не прокатит, т.к. у вас используется GNU Aspell (однако скорее всего по аналогии), но во фре точно работает :)